西班牙作为帝国的核心区域之一，其形势倒并没有南德意志那般严峻，因此并不需要委派一位在皇帝离开后独揽大权的封疆大吏。此前皇帝不在时的西班牙由受皇帝任命的摄政委员会以及议会共同统治。在西班牙的卡斯蒂利亚王国地区，权力较为集中。而在阿拉贡王国地区，地方议会的话语权较大。皇帝与议会曾经曾经签订过契约，只能任命西班牙官僚来统治西班牙。
皇女卡罗莱娜从小在西班牙宫廷长大，由她来担任摄政并不会遭到西班牙贵族的反对。相反西班牙贵族反倒希望皇女的权力能够更大一点。因为皇帝一直在挪用西班牙的经费用于保障帝国在德意志和匈牙利的利益；而西班牙人真正的利益攸关则时常被皇帝搁置。而皇女作为一个更西班牙的统治者，她会更加情愿保留西班牙的经费，并将其用于对抗法国和奥斯曼，保障西班牙贵族和富商在地中海以及北意大利的利益。
西班牙目前最大的地方实权人物无非是托莱多大主教胡安·洛佩斯，托莱多主教在整个西班牙地区享有宗教上的首要地位，而主教区本身也持有大量财富。考虑到其影响力，胡安·洛佩斯自然不会缺席西班牙两国的摄政会议和议会。
胡安·洛佩斯作为一个主教而言比较中规中矩，爱好是数学研究和迫害犹太人。西班牙的犹太迫害有一大特色，那就是对改宗犹太人的宗教审查。原本西班牙生活的犹太人改信基督教后，就应该停止迫害人家了，但西班牙教会认为许多犹太人可能是假装改信，实则暗中信仰犹太教。证据就是这些改宗犹太人不愿意放弃原有的犹太教生活习惯。你不吃火腿，是不是暗中信仰犹太教?许多改宗者甚至根正苗白的基督徒仅仅是因为生活习惯就被举报、抓捕以及审判。
在胡安·洛佩斯上台后，对改宗犹太人的审查进一步加深。除了对内更加严苛外，洛佩斯还主张征服更多北非领土，这和其它西班牙贵族以及富商的立场是类似的。
弗里德里希带着卡罗莱娜前去修道院与洛佩斯会面，洛佩斯与卡罗莱娜有过交往，但对其印象较为一般，因为一直有传言说卡罗莱娜是一个并不虔诚的人，因为她不热衷于宗教活动，甚至很少祈祷。好在天主教强势的地区都没有什么女巫审判风潮，因为罗马教廷一直否认女巫的存在，不然像卡罗莱娜这样生活作风不同寻常还有怪异才能的女人很容易被质疑是女巫。
洛佩斯表示自己并不反对卡罗莱娜成为摄政，但他希望卡罗莱娜在宗教事务上多咨询教会，以免犯错误。
除此之外，几个西班牙的大贵族先前就与卡罗莱娜有私交，他们也不愿意与这个将来的卡斯蒂利亚和阿拉贡女王作对，因此都不反对她。于是在马德里的例行议会上，卡罗莱娜被宣布为西班牙的摄政，摄政委员会仍然保留，但其权力事实上被剥夺，成为了一个咨询机关。
虽然当皇帝没有离开西班牙的时候，摄政并不能取代皇帝行使权力，但卡罗莱娜还是需要通过查阅资料以及与重臣交流的方式，了结西班牙国家目前的各种情况。
当讨论到军事问题时，西班牙的贵族军官抱怨到他们缺乏足够的军费在地中海反击巴巴里海盗，这导致西班牙在地中海的贸易网络频频受到海盗袭击，言下之意就是要钱打仗。皇帝陛下债台高筑，每年能把到期的债务还上就哈利路亚了，指望它掏钱不可能。这帮西班牙贵族一提打仗就要钱，一提税收就说没钱，征收高额战争税这种不利于团结的事情还是少干。那么到了最后，无非是皇女得自掏腰包打仗。卡罗莱娜夸下海口，说自己有能力筹集军费。她是发过一次大财的人，贵族们对其也是将信将疑。
为了锻炼皇女的能力，皇帝给她下达了一个任务，这个任务是整顿阿拉贡沿海几个重要城市色海关，每年都有不少走私案和关税争议的案件上报到法院，许多人抱怨当前关税法律有许多含糊不清的地方以及执行上的困难，贿赂检查人员的事件也常有发生。
整顿海关是件挺困难的事情，解决包括腐败和法律争议在内的问题的最好方法无疑是改革制度。但无论是理论和实际执行的张力——表面上好的制度却可能存在可以被无良之人利用的漏洞；还是改革与既得利益者的张力，都会导致改革的挫败。
因此想要推行一项成功的改革，不仅要对当前情况有充分的考察，对改革内容的可行性有完备缜密的思考，还要考虑各大行会、贵族、富商利益集团的利益攸关。连一个玻璃按重量还是尺寸计算关税的问题都能扯上半天。皇女自己一个人来处理并非是不行，但太花费时间了，她需要一个有能的团队来辅助自己。
任何主权者都需要有一套具备执行能力的班底，才有能力行使自己的权力。即使资本主义已经不断发展，欧洲仍旧是一个等级森严的社会，皇女不可能现在就从平民中选拔自己的重要手下。她组建一个小型行政队伍的人才来源主要有两个:1太子党，即和自己从小关系密切的贵族子弟2老臣，父亲会派遣一些自己信任的可靠人物来为她。
皇女就这样前往了阿拉贡，她让自己的手下分别