周围各地方上的承宣布政使司衙门，几乎没有任何官员敢站出来反对，因此在这种情况下，明燕武亲王：朱棣，开始放心大胆的坐在龙位上，并宣告废除〈建文四年〉年号，改为〈洪武三十五年〉，以表示自己是继承了，父皇明太祖吴王洪武高皇帝：朱元璋，的帝位。
而不是侄子明惠宗建文让皇帝：朱允炆，的帝位，并把明惠宗的二皇子：朱文圭，关在广安宫内。
至此想要登基的明燕武亲王就让明翰林院文学博士：方孝孺，帮忙起草即位诏书，但他却悲切哀恸的扑倒在地，还放声哭泣，声响传遍奉天殿大殿的台上台下。
明燕武亲王走下卧榻台阶，慰问他说“先生不要自取忧苦，孤王只是打算仿效周公辅佐成王之意。”
谁知明翰林院文学博士听后，却问道“周成王在哪里？”
明燕武亲王道“他自焚而死！”
但明翰林院文学博士就问道“那为何不立成王之子？”
然而明燕武亲王则回答道“朝廷有赖于成年的君王。”
接着明翰林院文学博士就开口道“那为何不立成王的弟弟？”
却没料到明燕武亲王立马答道“这是我们朱家的事，先生未免管的太多了吧？”
刚说完就回头示意，让左右侍者授予明翰林院文学博士纸笔，并说道“诏示天下，非得由先生您来亲自起草不可。”
不成想明翰林院文学博士直接把笔扔到地上，边哭边骂道“死就死吧！此等诏书老夫绝不能起草。”
此举直接激怒了明燕武亲王，还大骂他谋权篡位，因此当即下令将明翰林院文学博士推出去宣武门外车裂于菜市口，还让镇抚司锦衣卫队去抓捕方家族人斩首。
7月17日，在朝中内外无人反对的情况下，明燕武亲王开始在奉天殿内登基加冕，又去太庙祭祀天地并且称帝，改次年年号为〈永乐〉，史称「明太宗」。
他还下令大力搜索明兵部尚书：齐泰、明翰林院大学士：黄子澄，等建文朝臣五十余人，还废除了建文年间所改的一切太祖皇帝制定的成法和官制，以表明其起兵目的在于恢复祖训。
明永乐元年公元1403年，明太宗燕武亲王：朱棣，下令安抚被明惠宗削藩以及受靖难之役影响的藩王们，以稳定国内局势，还表示自己和皇侄子明惠宗不同。
先后恢复了明周定亲王：朱橚、明代简亲王：朱桂、明岷庄亲王：朱楩，等诸亲王旧封。
其中明惠宗的皇三弟明吴悼亲王：朱允熥、皇四弟明衡憨亲王：朱允熞、皇五弟明徐简亲王：朱允熙，三人尚未就藩就被明太宗给降封为郡王！
分别是（明广泽郡王：朱允熥、明怀恩郡王：朱允熞、明敷惠郡王：朱允熙）并以不能匡正明惠宗为由，废除三位郡王为庶人，还软禁了明广泽郡王与明怀恩郡王两人，于中都留守司凤阳行都督府英武卫内，仅留明敷惠郡王一人独自奉祀明懿文皇太子（明兴宗康皇帝）：朱标，的灵位。
到了正月13日，明太宗在行过大祀天地从南郊归来之时，文武群臣们开始行庆成礼，由明礼部尚书：李至刚，带头提出改北平承宣布政使司为〈北京〉、改应天府皇城为〈南京〉，还故意编造出理由道“自古帝王，或以布衣平定天下，或繇外藩入承大统，而于肇迹之地皆有升崇，今见北平承宣布政使司，乃陛下承运龙兴之地，宜遵太祖高皇帝设中都留守司之制立为京都。”
此奏当即就被允诺下来。
2月初3日，明太宗就设置了北京留守行后军都督府、北京邢部、北京国子监，并改北平府为〈顺天府〉，北平行太仆寺为（北京行太仆寺），以及行都督府还设置了左右都指挥使、都指挥同知、都指挥佥事等无定员。
邢部则设置尚书二人、侍郎四人，六曹吏户礼兵刑工，各设有；郎中、员外郎、主事一人，还改明户部尚书：郭资、明刑部尚书：雒佥，两人为〈北京邢部尚书〉。
2月12日，因之前北元益宗乌萨哈尔汗天元帝：孛儿只斤·脱古思帖木儿，被乞儿吉斯部首领兀雷帖木儿汗：乌格齐·鬼力赤，杀害！
而乞儿吉斯部首领又并非元帝后裔，导致各部落多不服气，又遭到北元恭宗兴原帝：孛儿只斤·恩克卓里克图（也速迭尔）放弃大元皇帝称号，改称〈鞑靼〉，并自称大汗。
这让明太宗得知事情后，立即遣使给乞儿吉斯部首领以通好，并赐与银币等物件。
2月18日，明太宗派遣了明司礼监右少监：侯显，同明僧道司僧人：智先一道，带着书币出使陕西行都指挥使司、乌斯藏都指挥使司，以征召精通道术善于幻化的尚师：哈立麻，并挑选壮士健马护行。
等回到京师之后，明太宗诏命明驸马都尉：沐昕，出迎在奉天殿内亲自接见尚师，赐领天下释教，明司礼监右少监因奉使有功，被擢封为〈司礼监秉笔太监〉奉诏出使周边各国。
明太宗还让明翰林院大学士：解缙，负责编写〈永乐