此次「皮岛海战」以清鲜联军大获全胜而告终，清军付出了阵亡260人的代价，换取了明军阵亡上万人，只有明东江总镇总兵：沈世魁，之侄明皮岛左参将：沈志祥，率领5千余名残兵逃到了石城岛，与明沿海总兵：陈洪范，会合。
至此皮岛汉人军民以及商人们半死半逃，有365名水手和3116名妇女儿童被清军掳走。
此外清军的战利品还有蟒素缎匹42880匹、盔甲3417件、白银3万1千两、银器、玉斝及朱砂、玛瑙、璩珀、水晶，等杯共253件、琥珀3枚、犀牛角2140对、布匹氊条共191000多件，骆、马、牛、骡、驴共640多个、大船72艘、弗朗基大炮10门。
这让大明帝国经营了十五年之久的皮岛失守，损失了大量兵力和物资，而满清太宗：爱新觉罗·皇太极，则解除了困扰多年的后顾之忧，终于可以放手大举侵略大明帝国了！
4月14日，清军凯旋而归，满清太宗下令重赏了李氏朝鲜参战将领，李氏朝鲜义州府府尹：林庆业、李氏朝鲜平安西道兵马节度使：柳琳，又以皮岛可比大城，特颁谕旨，命从优议叙先锋队的，满清镶黄旗牛录额真：瓜尔佳·鳌拜，等有功将士，赐［三等男爵］、封号〈满洲巴图鲁〉。
战后满清太宗就开始责备，清军中的汉人部队（乌真超哈、天佑军、天助军）在此次战役中的表现非常消极，主要还是满洲八旗兵发挥了作用，大概就是指这些汉人将领，原本都是原东江镇、皮岛部、辽东都指挥使司的明军原因。
待清军撤退后，李氏朝鲜仁祖陵阳大君纯孝郡王：李倧，听说明东江总镇总兵：沈世魁，死节的经过后，对他刮目相看。
还大加称赞道“朝鲜语：沈总镇总兵乃身于商贾之中，终至死节，甚是忠义之人也！有逃生之路，而效死不去，大明可谓有人矣！”
并指示有关部门准备棺椁，礼葬明东江总镇总兵以及死难的明军将领。
同时明分宜县学教谕：宋应星，写著了《开工开物》刊行，共有三卷18篇，全书收录了；农业、手工业，诸如砖瓦、陶瓷、硫磺、烛、纸、兵器、火药、纺织、染色、制盐、采煤、榨油等生产技术。
尤其是每一部产品，从原料到成品的生产过程和工序，都有详细记述，且附有二百幅图画，具有极高的科学价值。
4月22日，深得明毅宗信王崇祯帝：朱由检，信任的明兵部尚书：杨嗣昌，在听说皮岛陷落的消息后，他决定把逃出来的军民，分配到皇城岛、觉华岛，两地做到军民归属于；宁远卫、广宁中屯卫、广宁左屯卫、广宁中屯守御千户所（松山堡）、宁远中左守御千户所（塔山堡）、宁远中右守御千户所，这八城。
然而明沿海总兵却继续恋恋不舍于恢复孤岛，仍在李氏朝鲜王国黄海右道诸岛附近徘徊。
4月26日，还向李氏朝鲜王国送去票文加以怀柔，又给在皮岛之战前向大明帝国通风报信的李氏朝鲜平安西道兵马节度使：柳琳、李氏朝鲜义州府府尹：林庆业，下达命令任命他们，一个为〈水师总兵〉，另一个为［水师副总兵］。
打算让他俩配合着恢复大明海上岛屿的抗清事业，但是两位李氏朝鲜将领却表示难以从命，毕竟还有满清将领在监视。
所以在5月初3日，任不死心的明沿海总兵还在长山岛，接见了被明军护送回国的李氏朝鲜冬至使：金堉，并让他转告李氏朝鲜郡王五件事，包括马上派使者前去德川幕府（日本）联络盟军，意在同仇共耻，合力恢剿。
同时又向朝廷请求调集大明天津三卫、登莱两府、威海卫、福建水师、广东水师，甚至是闽浙水师前来增援。
可见明沿海总兵：陈洪范，仍继续尝试他的〔复海计划〕意图拉拢李氏朝鲜王国，恢复之前东江镇皮岛与李氏朝鲜王国抗清的局面，但李氏朝鲜郡王可是刚见识过了满蒙大军的可怕，因此对于明沿海总兵提出的五件事，似乎面有难色。
就连明兵部尚书也觉得这事操作起来，难度系数太大，且耗资巨大得不偿失，毕竟大明还要围剿中原农民军以及救治瘟疫，国库压根不能满足海上大用兵的开支，因此就否决了他的这个计划。
还希望他能撤到大明辽东都指挥使司海域，附近的皇城岛、觉华岛，一带坚守辽西防线，而李氏朝鲜使者也识趣的回国了。
5月15日，满清太宗虽然责怪汉人将领，但东江镇与皮岛等地岛屿，毕竟还是被汉人将领们成功拿下了，因此便加封明降将满清都元帅：孔有德，为〈恭顺郡王〉、满清水师总兵：耿仲明，为［怀顺郡王］、满清金州卫总兵：尚可喜，为「智顺郡王」，满清广宁卫先锋右参将：麻登云，为『督催粮草使』。
5月20日，明刑科都给事中：傅朝佑，上疏弹劾明中极殿大学士：温体仁，「六大罪」因此得罪于明毅宗信王崇祯帝：朱由检，还得罪于祖宗、得罪于天地、得罪于封疆、得罪于圣贤、得罪于心性，当即就被明毅宗下令打入刑部大狱中