3月18日，明户、工、兵，三部左侍郎：王在晋，代熊廷弼以及张尚书为〈兵部尚书兼都察院右副都御史，领辽东总镇经略〉另外又负责节制；蓟州镇、天津三卫、登州府（登州卫、莱州府（莱州卫）的海防军务，明熹宗：朱由校，特赐其蟒袍玉带和尚方宝剑。
很快新任的明兵部尚书兼都察院右副都御史领辽东总镇经略：王在晋，当时分析了一下关外的形势，说道“东事离披，一坏于清河堡、抚顺守御千户所，再坏于开原卫、铁领卫，三坏于辽阳卫、沈阳中卫，四坏于广宁卫等地，初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏，乃捐弃全辽，则无局可布矣！逐步退缩之于山海卫关内，此后再无一步可退。”
此外明辽东总镇经略：王在晋，还评价道“之前毛参将收复镇江堡，擒缚叛贼佟养真，致使辽南四卫震动，人心响应，闻报之日，缙绅庆于朝，庶民庆于野，是自清河堡、抚顺守御千户所失陷以来，费千百万金钱，萃十数万兵力，不能擒其一贼。此一捷也，真为空谷之音，闻之而喜可知也。“
然而明兵部尚书：张鹤鸣，再视察辽东都指挥使司复命时，却说“自辽患以来，总镇经略死难系狱，累累匪一，今日总镇经略，难于前日之总镇经略万备矣，王总镇经略铁骨赤心，雄才远略，识见如照烛观火，肩重如迎刃理丝，但秉正不阿，人醉独醒，独臣于明初（王在晋字）两人耳～王明初不足惜，如辽事何，此今日酿辽事大祸根也，此臣不顾嫌疑，不顾仇害，为国家大计而吐肝胆于陛下之前也。”
可以说对王总镇经略推崇备至。
就连明蓟辽总督：王象乾，也上奏建议王总镇经略宣称“得广宁卫不能守也，获罪滋大，不如重关设险，护山海卫，以佑京师。”
于是明辽东总镇经略就以「抚虏、堵隘」守山海卫的方略，在《题关门形势疏》中，写道；画地筑墙，建台结寨，造营房，设公馆，分兵列燧，守望相助。
他认为高岭有乘墉之势，斗城如锅底之形，昔武侯云地势兵者之助也，不知战地而求胜者，未之有也，奴有战地，而我无守地。山海一关不过通夷贡夷之道，严远戍之防有两河为保障，何夷虏之足忧。而今且以为冲边绝塞，此岂有形之天堑，成不拔之金汤者哉。臣与同事诸臣谋之，有欲筑敌楼，先居高山、高岭者。夫敌楼孤峙，能击远不能击近，倘为贼所乘，则益助其凭高博击，而我失其所控御矣。有为再筑边城从芝麻湾起，或从八里铺起者，约长三十里，北绕山，南至海，一片石统归总括，角山及欢喜岭悉入包罗，如此关门可恃为悍蔽。
因此明兵科右给事中：周希令，建议要五百万两银子当做防御经费，而明兵科左给事中：沈应时，则建议筑起边城为山海卫的屏蔽。
双方经过商讨之后，群臣们核对估计动工需要工计费，至少为百万两银子，盖并造衙舍、筑铳台、建营房之费不计其数。
为此明辽东总镇经略还上奏称“臣尝谓必有复全辽之力量，而后可复广宁卫，必有灭奴之力量，而后可复全辽，不然启无巳之争，遗不了之局，而竭难继之供，不可不虑。”
他还发现山海卫关城内，本身就存在着重大的隐患，因此建议修重城，待重城修好以后，山海卫关城才能真正成为雄关天险，此举极具战略目光。
朝廷方面为了支持他的想法，还自发内帘黄金20万两。
当时主要是关外六城（义州卫、广宁后屯卫、广宁中屯卫、广宁左屯卫、广宁中左守御千户所、广宁中屯守御千户所）以及七十二堡皆为漠南蒙古诸部们所占据。
虽然声称是替大明帝国助守边，但是实际上则是行窥伺明军势力的举动，对此明辽东总镇经略：王在晋，与明蓟辽总督：王象乾，只会一意姑息，又请筑重关于八里铺。
不过他的主张，却遭到了明宁前兵备道佥事：袁崇焕、明兵部主事：沈棨、明兵部司务厅司务：孙元化，等将领的反对。
其中以明宁前兵备道佥事为主，要求修筑到二百里之外的宁远卫，但王总镇经略却不听从建议。
随后明宁前兵备道佥事还两次，直接将意见报告给明内阁首辅：刘一燝，但明内阁首辅因不知前线的情况，所以拿不定主意。
这时明兵部右侍郎兼詹事府少詹事：孙承宗，自请上奏要亲身前往山海卫关外勘察地形，而由于孙侍郎乃是帝师，所以明熹宗不太舍得让他离开。
但为了稳定朝中局势，还是忍痛割爱让帝师出关勘察。
3月25日，明兵部右侍郎：孙承宗，巡视边关回朝后建议出关筑守宁远卫要害，与觉华岛形成相犄角，后又面奏明熹宗，称；王总镇经略不太懂军务、不堪胜任，当自请为督师。
这让明熹宗大喜，不得不派出帝师总督军务了，便特加明兵部右侍郎：孙承宗，为〈太子太保兼辽东总镇经略〉并赐蟒袍玉带、银币，以示隆礼。
3月27日，朝廷传令贵州承宣布政使司附近各镇派遣精兵应援，并调遣了湖广都指