而是迅速迁徙到盐池以西，其中漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤，也率部渡过黄河南遁，途中还被藏族番兵追击。
待几个挑起边患的主要西海蒙古部落远遁后，留在当地的小部落实力非常弱小，因此大明趁机招抚，使得各部纷纷重新依附于大明帝国，这才是湟中三捷的重要政治意义。
在军事上，朵甘都指挥使司青海蒙古各部落在祁连山一线的实力被削弱，明军乘机招募士兵，修筑边堡，把防线往前推进，这为下一步做准备。
11月初6日，明缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主：南达勃因（汉名：莽应里）只能自保于都城〈勃固城〉之内。
很快卑谬王国就宣布独立，其中清迈兰纳泰王国更是为了抵御澜沧王国兼老挝军民宣慰使：诺皎固蒙，的进攻，而接受了大城王朝兼暹罗阿瑜陀耶王朝的宗主权。
随后明缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主在东吁的堂弟良渊王：明耶仰达梅（汉名：莽雍罕）更是对勃固城的王位垂涎三尺，这使得缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝各地，再次陷于到军阀割据的状态。
11月10日，被留在四川承宣布政使司重庆府（重庆卫）的明播州宣慰使司都事：杨可栋，突然病死在明军监视中。
消息很快就传开来，杨应龙得知自己二子死去的消息后，就怀疑是大明官员毒害的？他当即就拒绝缴纳赎金，实际上朝廷东部战线未稳定，不可能在挑起争端，为此又激起了朝廷的猜忌。
但沉浸在丧子之痛中的杨应龙，却未必会这样认为。
他立即上书要求地方官归还次子：杨可栋，的遗体，而官方以尚未完成勘报为由拒绝，并敦促播州宣慰使司继续缴纳赎罪金。
这使得杨应龙大怒，直接丢下一句“假如吾的儿子能够复活，银子就能送来。”
随后就率部驱使一千多名僧侣，举行招魂仪式，并驰返播州宣慰使司，他认为这样做就可以把次子的灵魂带回故乡。
明万历二十四年公元1596年6月24日，明府军前卫副千户：仲春，疏请开银矿，以助重建坤宁宫、乾清宫，两大殿的费用。
明神宗：朱翊钧，得知后马上就降旨，还命令户部和北镇抚司锦衣卫队各派一人，同明府军前卫副千户一起开采。
其中明户科给事中：程绍、明工科给事中：杨应文，各自上疏谏阻，可明神宗根本不听。
于是明户科给事中就上奏说道“自嘉靖二十七年七月命采矿，至嘉靖三十六年十二月的尽十年间，先后委官四十余人，派防兵一千一百八十人，俸粮、器械、铅、炭，所费计银三万余两，而开矿所得只有银二万八千五百余两，得不偿失！”
然而自从明府军前卫副千户奏开矿之疏行起，献矿洞者踵至。
7月初2日，明北镇抚司锦衣卫百户：陆松、明鸿胪寺主簿厅主簿：许龙、明顺天府儒学教授：冯时行、明顺天府经历使：赵凤华，等官员各言开矿助大工，还有明詹事府录事：曾长庆，请在山西承宣布政使司平阳府解州夏县开矿。
明神宗不但皆予允准，而且于同日正式命户部赴北直隶京畿境内的真定府（真定卫）、保定府（大宁都指挥使司）、蓟州镇、永平府（永平卫），一带巡查开矿。
7月10日，被囚禁在建州左卫军民指挥使司的乌拉女真部贝勒：纳拉·满泰，之弟：纳拉·布占泰，在这三年中一直接受洗脑。
其中明建州左卫军民指挥使：佟·努尔哈赤（爱新觉罗·努尔哈赤），的弟弟明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·舒尔哈齐，还按兄长的旨意，将自己的长女：爱新觉罗·额实泰，嫁给了纳拉·布占泰为妻。
当乌拉女真部贝勒死后，明建州左卫军民指挥使见时机成熟了，便立即派遣明建州左卫军民试百户：图尔坤·黄占、明建州左卫军民总旗：博尔昆·费扬古，率兵护送纳拉·布占泰回归乌拉女真部，并迅速地掌管起乌拉女真部政权。
但乌拉女真部内前任乌拉女真部贝勒之叔：纳拉·博克多，因与纳拉·布占泰一起争夺汗位，先后被护送的建州左卫女真军所杀。
又在两位建州左卫女真将领的辅助下，让纳拉·布占泰牢牢地掌握起乌拉女真部的统治大权。
在新任乌拉女真部贝勒：纳拉·布占泰，返回乌拉女真部的初期，他从自身安危考虑，只能与建州左卫军民指挥使司所部保持着友好的部邻关系。
为此还将自己的妻妹嫁与明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·舒尔哈齐，为妻，两部又一次联姻。
7月14日，前任明播州宣慰使：杨应龙，再次起兵叛乱，他率军袭击了四川承宣布政司播州宣慰使司境内的余庆长官使司，挖出前任明余庆长官使：毛承云，的棺木开始乱砍尸体。
还焚烧了草塘安抚使司，并围攻黄平安抚使司与黄平守御千户所，以及派弟弟明播州宣慰使司副使：杨兆龙，屠杀明重安长官使：张熹，一家上下，还