同时明尚宝监太监：刘元斌，负责充当监军，率领中军都督府所辖的；扬州卫、和州卫、高邮卫、淮安卫、镇海卫、滁州卫、太仓卫、泗州卫、寿州卫、邳州卫、大河卫，等共六千卫所明军前往。
配合地方驻军一起围剿河南承宣布政使司汝宁府、归德府，以及南直隶地区流寇，大军严密把守各处关隘，一旦发现可疑人物直接扣留斩杀，让流寇们无处劫掠。
只得西逃湖广承宣布政使司黄州府麻城县、蕲州黄梅县。
又让黄州府蕲州（蕲州卫）封地内的明荆简亲王：朱慈烟，开始害怕起来！不过他相信兵部杨阁老，定会镇压住流寇们的。
8月27日，朝廷下令开放中原粮仓，救赈河南承宣布政使司灾民，在发国库内帑三万两黄金救济北直隶真定府、山东承宣布政使司各州府县饥民。
很快明兵科都给事中：戴明，就上奏道“荒极盗起蠢动迭告，北直隶大名府、南直隶淮安府、陕西承宣布政使司、河南承宣布政使司，所在之地皆有饥民为盗，按有司素不休养饥荒不？招徕无策，使流寇造反难以围剿，死于刀下者不计其数！均为普通百姓也，用兵加饷则官逼民反，死于追呼者，今乞招抚、应以屡教不改者为第一事也。”
可惜没人听进去！
9月13日，河南承宣布政使司汝州郏县山贼：李际遇、申请、邦任辰、张鼎众，集结兵马五万人，开始下山攻城掠地。
却被明汝州总兵：王继禹，派遣流寇降将明郏县游击将军：高谦，出兵击败，一日三捷，共斩杀山贼二千人，还追至开封府尉氏县。
10月初2日，明兵部尚书：杨嗣昌，到达四川承宣布政使司夔州府，当即传令明重庆卫指挥使：王允成、明重庆卫指挥佥事：杨文富，从重庆府北上夔州府巫山县配合东剿流寇。
这让农民军：老回回（马守应）、曹操（罗汝才）等部再次东逃到湖广行都指挥使司郧阳府。
而明湖广总镇巡抚：宋一鹤，急忙前往郧阳府围剿，还命诸将分屯兵在襄阳府、郧阳府、兴都留守司承天府，扼守各处州府县地区，不让流寇们轻易劫掠。
同时流寇降将：扫地王（张一川）既明保宁府副总兵：张一川，在保宁府负责围剿流寇：西营八大王（张献忠）。
却不料在梓潼县，被流寇给斩杀！
关键时刻明湖广总镇监军：万元吉，连忙命人把张一川的妻子，接去荆州府夷陵州（夷陵守御千户所）安置，并给予抚恤金。
11月10日，朝廷晋升明陕西总镇巡抚：丁启睿，为〈陕西三边总督兼山西都指挥使司、河南都指挥使司〉三司军务。
明河南总镇巡抚：李仙风，则率领流寇降将明郏县游击将军：高谦、明宣武卫千户：李建武，打败中原流寇于开封府河阴县菜园里，斩杀流寇一千三百人。
此举得到了明周孝亲王：朱恭枵，的一致表扬并赏银一千两，还命令周亲王府仪卫司与周亲王府护卫指挥使司（宣武卫）再接再厉继续出兵，以配合明军剿贼。
12月初9日，四川都指挥使司、河南都指挥使司、南直隶中军都督府卫所军集结完毕，开始压缩各地州府县包围圈，让流寇：老回回（马守应）、革里眼（贺一龙）等部害怕，起了招抚之心。
之后明安庆府监军：杨卓然，深知流寇「革左五营」中以；争世王（蔺养成）、老回回（马守应）等人想被招安的意图，遂下令停战。
还亲自跑到安庆府潜山县、太湖县，之间的山区内面见流寇五营领袖，以口舌之功，诱使他们接受朝廷的招降。
农民军：蔺养成，说道“吾等皆有绝世之才，惜朝廷无所用，余故皆因饥荒为盗，若朝廷处置得当，焉知不可为忠义之士乎？且吾闻刘国能、李万庆，率十余营前后归诚，为朝廷效死命，戮力行间，顾余独不能乎？但吾部众十万余置之何地？而主之何人？饷从何出？而以何等官爵待吾也？”
关于这点，明安庆府监军居然在没有朝廷回复的情况下，满口答应种种要求，并且指定以湖广承宣布政使司黄州府山区为投降后，流寇革左五营的安插地。
在以黄州府蕲水县、蕲州广济县，加派的新饷给之。
这让蔺养成与马守应等人很是满意，甚至革左五营内部已经在考虑，投降朝廷之后，该先打那部流寇呢？
此刻流寇：闯将（李自成）趁着明军围剿别处农民军之际，趁机从陕西承宣布政使司西安府商州雒南县，两地的山中走出来继续举旗造反，打算东进前去与中原流寇们汇合作战。
然而中原流寇们皆被困在河南府山中。
农民军：蝎子块（拓养坤）出兵劫掠，在河南府新安县函谷新关被明河南总镇巡抚：李仙风，指挥明军围剿斩杀。
其余流寇：满天星（张大寿）、张玅子、邢家米、大天王、镇天王、小红狼、九梁星，等流寇相继请降，仅剩下死活不愿投降的流寇：闯将（李自成）突围而出。