而淮安府（淮安卫）、徐州（徐州卫），则为京师咽喉也，特此乞求敕放明淮安府巡抚：杨一鹏，命他急忙预备，以防流寇东犯。
2月13日，四川承宣布政使司农民军在夔州府攻陷了巫山县，进入了夔州府首府奉节县（翟塘卫），劫掠了一宿才离去！
因流寇们分散蔓延在陕西承宣布政使司、山西承宣布政使司、四川承宣布政使司、河南承宣布政使司，湖广承宣布政使司（湖广行都指挥使司），一带且定居不稳流动性很大，故此朝廷内阁与兵部商议后，认为“各镇官兵抚事权不一，互相观望，宜以重臣开设督府，统摄诸道兵马讨贼。”
于是明毅宗：朱由检，下诏以明陕西三边总督：洪承畴，为主，与明延绥总镇巡抚：陈奇瑜，为副，两人一同总督陕西都指挥使司、山西都指挥使司、河南都指挥使司、湖广行都指挥使司，以及湖广都指挥使司、四川都指挥使司，五个都司军务（准确来说是6个）不过因为湖广行都指挥使司所辖卫所不明确，故此归纳入只算湖广都指挥使司1个，视贼所向各方剿抚。
3月初9日，明南直隶都察院右都御史：唐世济，上奏道“流寇有四类，其一为乱民、其二为驿卒、其三为饥民、其四为难民，宜分别剿抚。”
朝廷把这份奏章呈报给明五司总督兼陕西三边总督：洪承畴，与明延绥总镇巡抚：陈奇瑜，两人各一份，让他们按情况而定。
此刻四川承宣布政使司明军，在保宁府巴州打败农民军，但四川承宣布政使司境内自去年秋八月起，也是出现了不雨大旱的节奏，使得百姓们大饥人人相食！也算是变相增长了百姓参与流寇的人数。
4月19日，明郧阳府巡抚兼都察院右佥都御史：蒋允仪，以失陷郧阳府诸县！则力不能敌，便上奏朝廷推荐明都察院右副都御史：卢象升，要求他带〈天雄军〉前来镇压流寇。
农民军们则渡过保宁府广元县利州卫河，驻扎在陕西承宣布政使司汉中府宁羌州（宁羌卫）阳平关巡检司、四川承宣布政使司保宁府广元县（利州卫）白水关、朝天关，等地兵分四路劫掠。
还遭到了地方土司军民百姓的反抗。
再加上这一带十分荒凉，也确实没什么物资，迫使流寇们又东逃到夔州府首府奉节县（翟塘卫）一带活动。
楚贼们则活动在湖广行都指挥使司郧阳府房县（房县守御千户所），被明湖广总镇副总兵：张全昌，出战接连击败之。
朝廷还发动国库内帑五万两钱粮，命明都察院陕西道监察御史：梁炳，带着饷银，前去陕西承宣布政使司赈济灾民。
同时四川承宣布政使司农民军三万人，来到湖广行都指挥使司屯兵在郧阳府黄龙滩，在分为三道；一是在襄阳府均州（均州守御千户所），但活动于河南承宣布政使司的、二是在郧阳府，但活动于陕西承宣布政使司、最后一个是四川承宣布政使司流寇，但活动于陕西承宣布政使司汉中府、兴安州一带的。
4月26日，四川承宣布政使司流寇再次进入陕西承宣布政使司抢劫汉中府宁羌州（宁羌卫）、略阳县、凤县。
一时间又吓得明瑞安亲王：朱常浩，再次发出消息告急，祈求各地驻军前来救援。
而此时因漠南蒙古察哈尔部呼图克图汗：孛儿只斤·丹巴图尔台吉（大明称；插汉儿虎墩兔）既；林丹汗，他率兵西犯陕西行都指挥使司甘肃总镇以掠夺粮食。
这让原本镇守在汉中府剿贼的明陕西三边总督：洪承畴，不得不立刻北上驱敌。
可刚到汉中府褒城县青桥驿官道时，就听闻有流寇数万营直奔汉中府宁羌州（宁羌卫）而来，又急忙返回沔县（沔县守御千户所）援救。
吓得农民军们立即又跑去宁羌州（宁羌卫）阳平关巡检司过河，不是南下，而是逃奔陕西承宣布政使司巩昌府，被明陕西三边总督给追至巩昌府徽州成县一带。
但是流寇们的势力已经非比寻常了，基本上不跟明军主力军作战，而且打不过就跑，打得过就出击或者偷袭，所以明陕西三边总督就传檄明西安府副总兵：贺人龙、明汉中府总兵：刘成功，带兵三千人，急赴西安府蓝田县夹击流寇。
而巩昌府徽州两当县、汉中府凤县，还是遭到流寇们的攻陷。
同时流寇还兵分两道，一路向凤翔府（凤翔守御千户所）杀去、一路向汉中府地区杀去。
听闻消息后，明汉中府知府：吴敬之，当机立断直接断其官道，并派兵把守汉中府褒城县鸡头关巡检司，使流寇军队进不了关，只能转而进犯汉中府城固县、洋县，一带地区。
明军分路合围进逼流寇，让流寇败走兴安州石泉县、汉阴县，其中有二万农民军由汉中府凤县，北上凤翔府宝鸡县、西安府泾阳县，却被明军给招抚。
这次明陕西三边总督按照实情处理，不在全部斩杀。
同时明郧阳府巡抚：卢象升、明延绥总镇巡抚兼五司总督：陈奇瑜（因明陕西三边总督：洪承畴