在路途中小智等人突然在河边发现了神奇宝贝走路草，走路草又名神秘草，会一边走路一边散播花粉的神奇宝贝，小智本想收服走路草，却被小霞抢先一步，只见小霞召唤出宝石海星，然后用水枪攻击走路草，最后再使出冲击绝招，正当小霞要收服走路草时，妙蛙种子出现并撞飞了她的宝贝球。
妙蛙种子可是御三家中的其中一只，小之梦寐以求的神奇宝贝，妙蛙种子出生之后背上就有植物的种子，那个植物是会一点一点成长的神奇宝贝。
研究者到今天竟然还在争议，到底是要将他归类为动物还是植物，妙蛙种子就只是一个照面就把宝石海星打败了，这是小智看不下去就派出了自己的巴大蝴，鸟蛙种子又是同样的招数，一秒就把巴大蝴打败了。
妙蛙种子太强了，不愧是御三家其中之一，小智一想到这里有妙蛙种子，就觉得很兴奋正当他们在过桥时，因为绳子发生断裂小刚被迫掉入河中，而小智等人则使劲力气爬了上来，这是他们想到要马上赶去救小刚，可是不知道河水将小刚冲到哪里去了。
突然小霞踩到陷阱林默默和艾岚以及小火龙被困在了网子里面，妙蛙种子路过看到了这一幕想到小智他们先欺负走路草，但是跟林默默他俩无关，便帮助他们逃脱了网，过了一会儿小刚出现和小智等人会合，小霞很好奇小刚为什么在这里？
小刚告诉他们正当他被河流冲下去的时候，突然有一位非常美丽的小姐救了她，接着他们来找小刚的救命恩人，原来他叫做小翠在这里帮助一些被主人抛弃的神奇宝贝，或者在战斗中受伤的神奇宝贝治疗。
神奇宝贝在这个地方不用作战，也可以疗养自己的伤势，跟伙伴互相鼓励一起生活，小翠告诉他们村子里为了不让神奇宝贝训练家靠近，做了一些机关希望他们小心一点。
事后小霞和小智想走路草为以前的事情道歉，突然妙蛙种子出现并撞飞了小霞和小智，正当小智要出手时小翠阻止了他们，原来妙蛙种只是想要保护走路草。
妙蛙种子是这个村子的护镖，他想要保护受伤的神奇宝贝不受外来的敌人攻击，就在这时金包火箭队来了并再次说了一大堆台词。
武 藏：既然你诚心诚意的发问了
小次郎：我们便大发慈悲的告诉你
武 藏：为了防止世界被破坏
小次郎：为了维护世界的和平
武 藏：贯彻爱与真实的邪恶
小次郎：可爱又迷人的反派角色
武藏……小次郎……
武 藏：我们是穿梭在银河中的火箭队
小次郎：白洞，白色的明天在等着我们
喵 喵：就是这样 ……喵……喵……
火箭队利用机器想要强行吸收所有的神奇宝贝，可是却被小智他们阻止，然后他们想到把整间屋子都吸走，这是妙蛙种子出现打歪了吸收装置的管子。
这是小智的人也从房子中跑了出来，并且认出了宝可梦球召唤出了比比鸟，并且让比比鸟使出烈暴风，烈暴风变成了一大股龙卷风，小次郎等人还在机器上面嘲讽，一级龙卷风把小次郎和机器都卷走了。
之后小翠觉得妙蛙种子待在这里，未成为井底之蛙，就让小智把他收服了，小智本想把这次机会让给他的姐姐，可是姐姐选择了走路草，小智只好自己收下了妙蛙种子，然后继续了他们的旅行。