日本《八幡愚童训》记载：“六日至十三日，昼夜合战不休”。
元军从高丽合浦出兵至今，已在船上连续生活一个多月。盛夏的酷暑和生存环境的恶劣使得元军中开始蔓延传染病，已有两三千人病死。
在今津方面，企图登陆的元军也被驻防当地的萨摩、大隅等国的武士所阻止。
这时，同江南军的汇合期限将至，忻都等将领经过商议，决定撤回壹岐岛该岛是两路大军事先约定的会师地点。
虽然元军进展受阻，但是日军战败的流言却在日本内地流行开来。在京都，甚至传言“九州已经灭亡，不久就会攻打京都”。
东路大军在壹岐岛逗留一段时日之后，眼见与江南军约定的会合期限已过，该岛周围却仍然不见一只帆影。
忻都召集众将，进行了数轮磋商，寻求对策。
高丽籍大将洪荼丘认为形势不容乐观：“向约江南军与东路军六月望前会于壹岐。今南军不及期，我军先至，大战者数矣，船腐粮尽，将其奈何?”
此时，洪荼丘已生退意，只不过没有明说而已。但其他将领也拿不出好的主意，就连一向敢言的金方庆此时也不发一言。
十几天后，金方庆才说出了自己的明确意见：“我等奉旨备三月粮，今尚有一月之粮，不如先待江南军到，再合而攻之，必可破此岛夷”。
金方庆的建议遂成决议。东路军继续固守壹岐岛。
江南军本应在6月中旬前到达平户岛，与东路军会师，却迟迟不见踪影。
原来早在3月，就有日本船只顺风漂流至中国大陆，元朝方面令其水工画日本地图，并详细询问日本沿海地利，得知在太宰府西部附近有个名为平户的小岛，周围皆水，是一处天然的港口，且防备薄弱。
元朝征东行省得知这个消息后，便临时更改了作战计划，决定把东、南两军的会师地点改在平户岛。因为太宰府才是此次东征军所要攻占的战略要地，平户岛近水楼台，元军可绕过对马等岛屿，直接实施“越岛作战”。
忽必烈对这个改动方案表示认可。于是江南军方面便派出了一支六十艘船的先遣队赴日，意在向东路军通报作战方案变更之事。但是江南军先遣船队却因航道生疏，没有如期到达壹岐岛。
另外，事先安排元军总指挥阿剌罕与江南军同时出征，但阿剌罕却因年纪老迈而突然病故，忽必烈不得不临战易帅，临时任命阿塔海为两路军总指挥，以履行阿剌罕之职。阿塔海又不能立即达到宁波，于是范文虎在仓促之中于6月18日命令江南军起锚离港。
江南军在遭遇多端变故的情形下，于公元1281年6月底到达日本。该军之一部突破日军防线，进入壹岐岛。7月初，该军主力十余万人到达预定阵地平户岛。
7月上旬，固守在壹岐岛的东路军及江南军之一部开始向平户方向推进。南北两军终于完成汇合，能够参与作战的兵力共计十四万。
平户岛周围海域布满了遮天蔽日的元军旗帜。经过几日的整编，7月下旬，元军派出小股部队进行尝试性登陆，并于27日占领肥前鹰岛，将之作为前进基地。
与此同时，日军方面也开始调整兵力，多路援军驰援平户岛、鹰岛。
在这一次战争中，日军的战争动员和组织能力都有所提高，他们凭借有利地形构筑防御工事，并且奋勇作战，但是终究不能对元朝联合部队起到有效的阻击作用。并且江南十万大军还没有实质性参与到战争中来。众所周知，登陆战的关键在于抢滩，而非此后的陆战，一旦十四万大军在博多登陆，日军的抵抗力将被进一步削弱。
7月30日，元军原计划于该天启动全面进攻。但十多万元朝官兵都看到了这样奇怪的一幕：海上山影浮波，大鱼翻跃;并且能闻到浓浓的硫磺味。诸将领在商议之后撤销渡海登陆命令。
这是海上风暴来临的征兆。
面对如此光怪陆离的景象，元军将士陷入恐惧中，但由于蒙古籍统帅没有成熟的航海经验，也就没有采取果断措施应对，而江南军中的原水军士兵经历的水上战斗大多都是发生在内河即长江一带，元军中也有通晓天文海相的将领，其中江南军将领张禧在担心之余，果断率部弃舟登陆进驻平户岛，并且命令所部船只停泊距离要达到五十步之遥。
元军的悲剧就在这天夜里发生了。夜半，飓风四起，暴雨狂飙，巨浪如山倒。这场飓风一直持续到第二天。
部分元军船只顷刻间倾覆海底，其他船只经过飓风颠簸，或者因为泊位过近，在巨浪中相互撞击，或者因为本身就是内河船只，抗风暴能力差，电闪雷鸣之中，数千船只被巨型风浪撕开。溺死者不计其数，层层叠叠的尸体被海流带至港口。
范文虎，这位一直活动在长江流域的南宋降将，并无海上常识，他的船只同样被风暴撕毁，其本人侥幸抱得船板漂流海中，被部将张禧救起。
飓风过后，诸将紧急召开会议商